1944 m. vasarą, grįžtant sovietinei okupacijai, Ukmergės apylinkėse kilo nauja partizaninio karo banga.
Partizaninis pasipriešinimas Lietuvoje turėjo tris etapus: I-as etapas – 1944 m. – 1946 m. gegužės mėn. Jo metu spontaniškai ir organizuotai kūrėsi partizanų būriai, kurie buvo gana gausūs. Vykdavo atviros kautynės su sovietų kariuomene, būdavo puolami ir užimami valsčių centrai, išlaisvinami kaliniai. II-as etapas – 1946 m. gegužė – 1948 m. lapkritis. Partizanų būriai skaidėsi, smulkėjo, buvo atsisakoma atvirų kautynių, rengiamos pasalos. III-as etapas – 1948 m. lapkritis – 1953m. gegužė. Buvo pasiekta organizacinė ir idėjinė branda, tačiau kartu ir partizaninio judėjimo silpnėjimas, ginkluoto pasipriešinimo pabaiga. Šiame etape buvo sukurta bendra visai Lietuvai partizanų vadovybė, kuri viešai paskelbė nepriklausomos valstybės idėjos tęstinumą okupacinėmis sąlygomis (1949.02.16 deklaracija).
Partizanų daliniai pagal teritorijas buvo skirstomi į apygardas.
Nors atskiri būriai veikė savarankiškai, jie buvo pavaldūs partizanų apygardos vadovybei. Dabartinis Ukmergės rajonas priklausė dviem apygardom – „Vyčio“ ir „Didžiosios Kovos“ (toliau „DK“). Apygardų pasiskirstymo riba ėjo per rajono vidurį. Rajono šiaurės vakarų dalis priklausė „Vyčio“, o pietrytinė – „DK“ apygardai.
„Vyčio“ apygarda apėmė Panevėžio, Kėdainių ir Ukmergės apskrities dalį. I-uoju apygardos vadu tapo šalies prezidento A. Smetonos sesers sūnus – kapitonas Juozas Krikštaponis iš Užulėnio.
Pradiniame etape apygardos štabas buvo Lėno miške. 1944 m. pab. J. Krikštaponio rinktinę sudarė virš 300 partizanų. Apie 60 iš jų bazavosi Užulėnio miške, prie štabo. 1945 m. sausio 12 d. keleriopai didesnės rusų pajėgos apsupo Lėno mišką. Kautynėse žuvo apie 20 vyrų ir apygardos vadas J. Krikštaponis.
Po J. Krikštaponio žūties, apygardai vadovavo vyr. leitenantas Danielius Vaitelis – Briedis. (žuvo 1948.05.), po jo – Alfonsas Smetona – Žygaudas (žuvo 1950.07.), vėliau Mykolas Šemežys – Putinas (žuvo 1951.04.), vėliau Bronius Karbočius – Algimantas (žuvo 1953.01).
Pagrindiniai Ukmergėje veikę „Vyčio“ apygardos būriai buvo šie: Šarūno (vadas J. Survila), Žaibo ( A. Žilys), Tankisto (A. Stimburys), Stiklo (Br. Jakubonis), Perkūno (F. Katlioris).
Didžiosios Kovos apygarda oficialiai įkurta Jono Misiūno – Žalio Velnio iniciatyva 1945 m. balandžio mėn.
Didžiosios Kovos apygardai priklausė pietrytinėje dabartinio rajono dalyje 1944 m. pab. susikūrusi taip vadinama Balninkiečių rinktinė, kurios centras buvo šalia Balninkų (Molėtų raj.). Ji veikė Ukmergės apskrities Balninkų, Želvos, Šešuolių, Kavarsko, Kurklių, Pabaisko, Žemaitkiemio valsčiuose ir Utenos apskrityje. Vadovavo Balninkų mokyklos mokytojas Juozapas Šibaila – „Diedukas“ ir vyr. puskarininkis Alfonsas Morkūnas – „Plienas“, kilęs iš Žemaitkiemio vlsč. Juodžiūnų k. Balnininkų rinktinei priklausė apie 500 partizanų. 1945 m. gruodžio 1 d. Balninkų rinktinė prisijungė prie „DK“ apygardos ir tapo apygardos „B“ rinktine.
Žymesni Balninkų rinktinės būrių vadai: Kazys Ališauskas – Spartakas, Viktoras Meilus – Šturmas, Kazimieras Puodžiūnas – Titnagas, Vilius Karaliūnas – Viržis, Vytautas Rokas – Beržas, Stasys Narušis – Skiltuvas, Stasys Markauskas – Galijotas, Antanas Morkūnas – Šalna, Stasys Venckus – Kardas, Bronius Jakubonis – Stiklas, Kazys Tušas – Nemunas, Alfonsas Tušas – Papuošalas.
DK apygardos vadai – Jonas Misiūnas – Žalias Velnias (1944.09. – 1945.04. ; 1945.04. – 1946.07.), Mykolas Kareckas – Serbentas (1945.01. – 1945.04.), Alfonsas Morkūnas – Plienas (1948.08. – 1949. 12.)
1950 m. Ukmergės rajono teritorijoje veikė 13 būrių, kuriems priklausė apie 100 partizanų. Paskutinieji partizanai Užulėnio miške buvo likviduoti 1953 – 1954 m. Vienas paskutiniųjų – Marijonas Smetona – Ripka, Komendantas žuvo 1953.06.19.
Paskutinis Lietuvos partizanas A. Kraujalis – Siaubūnas žuvo Utenos raj. 1965 m.
Ukmergės gimnazijoje 1945m. pab. – 1952 m. veikė kelios pogrindinės organizacijos: “Ukmergės partizanų štabas” (vadovavo Bronius Malinauskas ir Vitoldas Augustinas), “Keršytojai už tėvynę” vėliau persivadinusi į “Lietuvos patriotus” (vadovavo Edvardas Burokas), būrys „Lituanika“ (vadas – Vytautas Raugalas – Žilvitis).